Nuo 2021 m. įsigalios pasikeitusi ginčų dėl mokesčio už aplinkos teršimą nagrinėjimo tvarka – juos spręs Mokestinių ginčų komisija prie Vyriausybės. Ši komisija taps privaloma ikiteismine ginčus nagrinėjančia institucija. Ji yra įpareigota spręsti mokesčio už aplinkos taršą ginčus, vadovaujantis Mokesčio už aplinkos teršimą įstatymo pakeitimais.
Ūkio subjektai ir gyventojai, nesutinkantys su Aplinkos apsaugos departamento sprendimais dėl mokesčio apskaičiavimo, deklaravimo arba sumokėjimo, privalės pateikti skundą Mokestinių ginčų komisijai, o nesutikusieji su jos sprendimu galės kreiptis į Vilniaus apygardos administracinį teismą ir į Lietuvos vyriausiąjį administracinį teismą.
Tokia pati tvarka galios ir tada, kai bus skundžiami valstybės įmonės „,Žemės ūkio informacijos ir kaimo verslo centras“ sprendimai dėl mokesčio už aplinkos teršimą. Ši įmonė, įsigaliojus naujiems pakeitimams, priims sprendimus dėl mokesčio už aplinkos teršimą iš žemės ūkio veiklai naudojamų ne keliais judančių mechanizmų (pavyzdžiui, traktorių).
