Šiuo metu Vilniaus vadinamosiose senosiose Antakalnio kapinėse vyksta žvalgomieji archeologiniai tyrimai. Leidimas atlikti archeologinius tyrimus išduotas vadovaujantis teisės aktais, kas atitinka archeologinio paveldo tvarkybą. Pagal ją, ir kapinėse reikia atlikti archeologinius tyrimus.
Kaip informavo Kultūros paveldo departamento (KPD) prie Kultūros ministerijos Vilniaus skyriaus specialistai, Vilniaus senųjų kapinių, vadinamų Antakalnio kapinėmis, komplekso (unikalus kodas 36243) teritorijos sutvarkymo projektiniai pasiūlymai KPD Vilniaus skyriui nebuvo pateikti. Įvertinus viešoje erdvėje ( https://vilnius.lt/wp-content/uploads/2019/12/BYLA_PP_12-06.pdf ) paskelbtus projektinius pasiūlymus, projektuotojui Savivaldybės įmonei „Vilniaus planas“ buvo pateikta papildoma medžiaga apie vykusius palaidojimus Antakalnio kapinėse ir siūloma į tai atsižvelgti.
Vilniaus miesto savivaldybė Antakalnio senųjų kapinių teritorijos šiaurinėje – šiaurės rytinėje dalyje, už Menininkų kalvelės (bet tikrai ne Našlaičių kapinių teritorijoje, kaip buvo klaidingai teigta žiniasklaidoje) yra numačiusi įrengti naujas kapavietes, suformuoti naujas laidojimo vietas, tačiau yra tikimybė, kad šioje kapinių dalyje buvo laidota jau ankstesniais laikotarpiais. Savivaldybės įmonės „Vilniaus planas“ darbuotojams sugretinus dabartinius planus su iš KPD gautais ankstesniais 1964 metų kapinių inventoriniais planais (planšetais), naujų kapaviečių (kapaviečių ir urnų laidojimo) įrengimas taisomas, numatoma tai atlikti vietose, kur anksčiau nebuvo palaidojimų, todėl tikslinga papildomai atlikti istorinius ir archeologinius tyrimus.
KPD Vilniaus skyriaus specialistai pagal gautą pranešimą apie vykdomus žemės judinimo darbus Antakalnio kapinėse, atliko faktinių duomenų patikrinimą vietoje. Patikrinimo metu nustatyta, kad Vilniaus senųjų kapinių, vad. Antakalnio kapinėmis, komplekso Našlaičių kapinių teritorijoje jokie žemės judinimo darbai nebuvo vykdomi. Nustatyta, jog atliekant žvalgomuosius archeologinius tyrimus Vilniaus senųjų kapinių, vad. Antakalnio kapinėmis, komplekso (u.k. 36243), teritorijos šiaurinėje – šiaurės rytinėje dalyje, Vilniuje, iškastos trys žvalgomosios perkasos (2 x 5 m dydžio), kurios atitinka žvalgomųjų archeologinių tyrimo projekte (leidimas atlikti archeologinius tyrimus 2020-03-04 Nr. LA-17) numatytas vietas.
Archeologiniai tyrimai atliekami siekiant nustatyti, ar projektuojamų kapaviečių vietose būta ankstesnių kapų, o nustačius ankstesniųjų kapų įgilinimą, bus galima nustatyti laidojimo režimą, pvz., projektuojamo naujo laidojimo teritorijose laidoti tik sudegintus palaikus ar pan. Žvalgomųjų archeologinių tyrimų projekte nurodoma, jog tyrimai reikalingi dėl to, kad naujais palaidojimais nebūtų pažeisti Vilniaus senųjų kapinių, vad. Antakalnio kapinėmis, komplekso senieji (ankstyviausi datuotini XIX amžiumi) kapai. Siekiant nustatyti laidojimo būdus, tendencijas ankstyvųjų kapinių veikimo laikotarpiu ir pagal tai galimai keisti numatomų naujų kapaviečių projektinius sprendinius, tikslinga atlikti žvalgomuosius archeologinius tyrimus tų būdų (ypač palaidojimo gylio) nustatymui.
Aiškinamajame archeologų rašte teigiama, kad „atsižvelgiant į tai, kad senuosiuose kapinių planuose buvo pažymėtos tik tuo metu matomos kapavietės (kauburėliai), išlieka tikimybė, kad suprojektuotų naujų kapaviečių vietose būta ankstesnių kapų. Todėl manoma, kad yra tikslinga atlikti žvalgomuosius archeologinius tyrimus siekiant nustatyti, ar projektuojamų kapaviečių vietose būta ankstesnių kapų, mat nustačius ankstesnių kapų įgilinimą, bus galima nustatyti laidojimo režimą, pvz., projektuojamo naujo užlaidojimo teritorijose tik sudegintus palaikus ar pan.“
Zonos, kuriose numatyta įrengti naujas kapavietes, plotas yra apie 3 tūkst. kv.m. Todėl pagal reikalavimus žvalgomuosius tyrimus žvalgomosioms perkasoms (2X m dydžio) numatoma atlikti 30 kv.m plote.
Žvalgomuosius archeologinius tyrimus atliekantis archeologas Povilas Zaremba aiškinamajame rašte pateikė istorinius duomenis apie kapines. Pasak jo, Antakalnio karių kapinių formavimasis turėjo keletą etapų. XIX a. pab. dabartinių kapinių vietoje buvo trejos kapinės. Pirmosiose – Ligoninės kapinėse – pradėta laidoti 1809 metais Vilniaus Dūmai paskyrus 3,93 ha miesto žemės sklypą Antakalnio karo ligoninės kapinėms. Laidota įvairių tikybų kariai, jų šeimų nariai. 1844 metais šioms kapinėms paskirta dar 2,18 ha. Iš to laikotarpio jokių antkapių neišliko. XIX amžiaus pabaigoje Ligoninės kapinių plotas išplėstas, jose pradėta laidoti ir Vilniuje gyvenę rusai. Į ŠR nuo Ligoninės kapinių buvo antrosios – Našlaičių kapinės, kuriose 2,32 ha sklypą 1850 metais Vilniaus gubernijos valdyba skyrė kariams katalikams laidoti. llgainiui šiame sklype imta laidoti mirusius Šv. Jokūbo ligoninėje bei neturtingus miesto ir apylinkių gyventojus. Manoma, jog čia taip pat buvo laidojami ir Vilniaus kalėjimų kaliniai. Trečiosioms – Karių kapinėms – 3,27 ha sklypą 1892 metais skyrė Vilniaus Dūma. Naujosios kapinės buvo atiduotos Vilniaus įgulai ir čia laidojo tik kariškius. XX amžiaus pradžioje visas tris kapines imta vadinti Antakalnio karių kapinėmis. 1915 metais Ligoninės kapinių ŠV dalyje Vilniaus Dūma skyrė apie 0,9 ha sklypą naujoms karių kapinėms. Čia buvo laidojami Rusijos ir Vokietijos kariai, žuvę ar mirę ligoninėse Pirmojo pasaulinio karo metais, į PR nuo jų – Lenkijos legionieriai ir kariai, žuvę ar mirę ligoninėse 1919-1921 metais. Šalia jų 1919-1920 metais buvo palaidota 30-40 Lietuvos karių, kurių kapai apie 1975 metus sovietinės valdžios sunaikinti. 1944-1945 metais PR kapinių dalyje buvo laidojami Sovietų Sąjungos kariai. 1951 m. jiems įrengtas memorialinis ansamblis, kurį statant sunaikinta dalis senųjų Karių kapinių.
Ankstesni archeologiniai tyrimai 2003 metais buvo atlikti ruošiantis perlaidoti Vilniuje, Šiaurės miestelio teritorijoje rastus Napoleono Didžiosios armijos karių palaikus. Būsimos kapavietės vietoje rasti sovietų kario palaikai. 2007 metais vyko archeologiniai žvalgymai teritorijoje į pietus nuo Sausio 13-osios aukų memorialo. Žvalgymų metu palaidojimų, kultūrinio sluoksnio ir archeologinių radinių nesurasta. 2017-2019 metais vyko detalieji archeologiniai tyrimai Našlaitelių kapinių vietoje. leškota ir surasta Lietuvos partizanų, nužudytų sovietų represinių struktūrų, palaikų. 2018 metais kapinėse, netoli taip vadinamo Menininkų kalnelio, atlikti archeologiniai žvalgymai. Žvalgytame 600 kv.m plote archeologinių vertybių nerasta.
