Karinės jūrų pajėgos (KJP) nuolat vykdo Lietuvos teritorinės jūros ir Ekonominės zonos povandeninės aplinkos stėbėseną, turi atitinkamus povandeninės aplinkos ir dugno išžvalgymo pajėgumus, techniką bei kompetencijas, yra pasirengusios reaguoti į įvairius įvykius.
Lietuvos Karinių jūrų pajėgų Hunt klasės priešmininių laivų „Skalvis“ ir „Kuršis“ pagrindinė veikla yra minų paieška jūroje. Šie laivai, naudodami THALES S2193 minų medžiojimo sonarą, gali aptikti ir klasifikuoti futbolo kamuolio dydžio objektą iki 1000 metrų atstumu. Dėl šios priežasties priešmininiai laivai gali vykdyti ir papildomas užduotis, tokias kaip kritinės infrastruktūros po vandeniu patikra ar nuskendusių objektų paieška.
Nuotoliniu būdu valdomas povandeninis robotas K-STER leidžia laivams identifikuoti rastus objektus 300 metrų gylyje, todėl Hunt klasės laivuose sumontuota įranga įgalina Baltijos jūroje vykdyti įvairaus pobūdžio operacijas taikos metu.
Naujausio Karinių jūrų pajėgų įkurto dalinio Uosto ir priekrantės gynybos tarnybos viena iš pagrindinių užduočių yra uosto apsauga ir gynyba.
Karinių jūrų pajėgų pėstininkai (fuzilieriai) nuolat treniruojasi vykdyti laivų ir uosto kritinės infrastruktūros apsaugą. Narai išminuotojai autonominiais povandeniniais įrenginiais REMUS 300 prisideda prie saugių jūros kelių surandant ir išminuojant istorinius sprogmenis bei geba operatyviai vykdyti uosto ir jo prieigų dugno skenavimą, identifikuoti įtartinus/neatpažintus objektus bei juos neutralizuoti.
