Dėl religinių ar pacifistinių įsitikinimų su ginklu negalintys tarnauti karo prievolininkai gali rinktis alternatyviąją krašto apsaugos tarnybą. Tokių šiais metais buvo keturi.
Vadovaujantis LR Karo prievolės įstatymu šie karo prievolininkai iki šaukimo pradžios, t. y., iki 2016 m. sausio 7 d., privalo regioniniams Karo prievolės ir komplektavimo skyriams pateikti prašymus alternatyviajai krašto apsaugos tarnybai atlikti. Vėliau pateikti prašymai atlikti alternatyviąją tarnybą nebus svarstomi. Šia tarnyba yra pakeičiama nuolatinė privalomoji pradinė karo tarnyba, kuri trunka devynis mėnesius.
Alternatyviosios krašto apsaugos tarnybos trukmė – 10 mėnesių. Tarnyba atliekama valstybės ar savivaldybių institucijose ar įstaigose dirbant visuomenei naudingą darbą.
Pateiktus prašymus dėl alternatyvios tarnybos atlikimo nagrinėja ir rekomendacijas dėl prašymų pagrįstumo teikia specialioji komisija. Ją sudaro asociacijų, tradicinių religinių bendruomenių ir religinių bendrijų, aukštųjų mokyklų atstovai. Atsižvelgdama į specialiosios komisijos rekomendacijas, karo prievolę administruojanti krašto apsaugos sistemos institucija priima sprendimą prašymą atlikti alternatyviąją krašto apsaugos tarnybą pripažinti pagrįstu arba nepagrįstu.
Karo prievolininkas yra skiriamas atlikti alternatyviąją tarnybą, jei jis yra atrenkamas į nuolatinę privalomąją pradinę karo tarnybą, pripažįstamas tinkamu pagal sveikatos patikrinimo išvadą atlikti tarnybą ir komisija jo prašymą pripažįsta pagrįstu.
