Skirsnemunės raida tęsėsi ilgus šimtmečius. Keitėsi tai spartaus augimo, tai sunkūs politinių ir ekonominių nuopuolių metai. Jos ir apylinkių istorija yra glaudžiai susijusi su kitų pilių – Raudonės, Veliuonos ir Seredžiaus praeitimi.
Nuo seniausių laikų gyvenvietė įsikūrusi Nemuno slėnyje ir ją per didžiuosius Nemuno potvynius apsemdavo. Šiek tiek aukštesnėje vietoje iki 1523 m. buvo pastatyta senoji katalikų bažnyčia. Jai 1636 m. dovanotas Geišių kaimas, įsteigta parapija. 1791 m. pastatyta nauja bažnyčia. Po 1818 m. gaisro bažnyčia atstatyta. Architektas Ustinas Golinevičius 1892 m. suprojektavo mūrinę bažnyčią, kuri buvo pastatyta iki 1903 m. Ji neogotikinė, lotyniško kryžiaus plano, dvibokštė, su zakristijomis ir apside (tai puskupolio arba pusės kūgio formos bažnyčios dalis, esanti už altoriaus), stovi ant kalno į šiaurę nuo senosios vietos.
Evangelikų liuteronų bažnyčia buvo pastatyta kairiajame Talkoto upelio krante. Profesorius Jurgis Gimbutis nurodo tris bažnyčios statybos datas: 1759 m. pastatyta medinė bažnyčia, 1849 m. nauja medinė ir 1886 m. atnaujinta ta pati bažnyčia.
Skirsnemunė yra viena iš Lietuvos gyvenviečių, kuri rašytiniuose istoriniuose šaltiniuose minima labai anksti. Jau nuo 1313 m. apie ją rašė Kryžiuočių ordino magistras kapelionas Petras Dusburgietis ir 1326 m. jo „Prūsų žemės kronikoje“ aprašomi Vokiečių ordino žygiai į Lietuvių ir prūsų žemes.
Senųjų lietuvių bei kryžiuočių pilių vietų žemutinėje Nemuno pakrantėje nustatymas yra sudėtingas, nes, bėgant metams, kito vietovardžių pavadinimai ir jie ne visuomet atitinka rašytiniuose šaltiniuose minėtų pilių pavadinimus, tai liečia ir Skirsnemunės pilis.
Dešiniajame Nemuno krante stovėjo lietuvių Bisenos gynybinė pilis. Ji buvo aukščiau dabartinės Skirsnemunės, greičiausiai Kartupėnų piliakalnyje, žmonių dar vadinama Kiaukalniu bei Sargučiu. Ją tankiai puldinėjo ir grobė kryžiuočiai. Dėl šios pilies lokalizacijos autorių nuomonės skiriasi. Nemuno dešiniajame krante tai buvo pirmoji Lietuvos pilis, kurią Vokiečių ordinas, 1230–1283 m. įveikęs prūsų ir vakarinių lietuvių priešinimąsi, 1283 metų pabaigoje puolė ir sudegino. Po to pilis vėl du kartus buvo pulta 1313 m., o 1316 m. vėl sudeginta.
Skirsnemunės apylinkėse visą XIV a. vyko didelės kovos su kryžiuočiais. Taigi Bisenės pilies reikšmė buvo labai didelė. Du kartus (1283 m. ir 1313 m.) ją sugriovus, pilis buvo atstatyta. Rašytiniuose šaltiniuose minimi mažiausiai šeši Bisenos pilies paminėjimai, parodantys pilėnų susidūrimus su kryžiuočiais, tačiau apie jos atstatymą po 1316 m. žinių nėra.
Norėdamas užgrobti Žemaitiją, Vokiečių ordinas ne tik puldinėjo Lietuvos pilis, bet ir Nemuno kairiajame krante pasistatė Skirsnemunės pilį. Vokiškai ji vadinosi Chrismemela, Chrismemiel ar Krismemela. Miestelio istorija byloja, kad ją pastatė Vokiečių ordino magistras Karolis fon Trieras. Manoma, kad ši pilis stovėjo toje vietoje, kur yra Norkūnų piliakalnis, netoli ten buvusio kaimo, negyvenamų miškų zonoje, apie 55 km nuo Ragainės. Pilis buvo medinė ir jai pastatyti reikėjo daug medžiagos, tai vokiečiai ją plukdė laivais, o grįždami Kuršių mariose nuskendo, amžinybėn nusinešdami 200 žmonių. Ordinui buvo neramu, nes mariose skendo laivai su maistu, kariniais reikmenimis, mat juos puldinėjo lietuviai iš Bisenos pilies. Vis dėlto pirmoji kryžiuočių pilis iškilo – motas su papiliu (supilti įtvirtinimai, sudaryti iš pagrindinės pilies ir didelio bokšto). Vos tik pastačius šią pilį, prasidėjo puolamieji žygiai į Bisenę.
Petras Dusburgietis kronikoje aprašė, kaip Lietuvių karalius Vytenis, surinkęs iš savo karalystės pajėgiausius vyrus, 1315 m. rugsėjo 25 d. – spalio 11 d. apsupo Christmemele pilį ir iš visų pusių per 17 dienų puolė ją. Vokiečių šaltiniai nurodo, kad lietuviai puolė pilį, turėdami nemažas pajėgas, nes pasitelkė rusėnų lankininkus ir atsigabeno „tris mašinas“ pilies šturmui. Tai matydami, broliai, norėdami išvengti galimų pavojų, sudegino savo pilies papilį. Padėti šiai piliai atplaukė iš Sembos 10 brolių ir 150 vyrų, tačiau lietuviai jų neprileido prie pilies. Greitai lietuviai sužinojo, kad į pagalbą vokiečiams atskuba magistras su didele kariuomene ir nutarė gynybiniame griovyje prinešti malkų, šiaudų, šieno ir sudeginti pilį, tačiau tikslo jie nepasiekė, nes atskubėjęs magistras daug jų nukovė arba sužeidė. Christmemele į pagalbą dar ėjo didysis magistras Konradas Tryras. Eidamas šalia Veliuonos, sudegino jos pilį, o paskui nuvyko į Chrismemele ir atstatė viską, ką lietuviai buvo sugriovę.
1316 m. Christmemelio vicekomtūras Fridrichas iš Libencelės „nužygiavo link Lietuvos“ ir užpuolė besikeičiančią Bisenės pilies sargybą.
1324 m. vasarą Lietuvos karalius Gediminas vėl puolė Christmemelio pilį. Po to kryžiuočiai toje pilyje jau neišsilaikė ir 1328 m. vokiečiai ją sunaikino ir atidavė lietuviams. Manoma dėl to, kad dvi lietuvių puldinėjamas pilis išlaikyti kryžiuočiams buvo per sunku.
Kai kurie šaltiniai teigia, kad vadinama pilaitė ar Kaukakalnis buvo tarp senosios katalikų bažnyčios (slėnyje) ir Žvyrių evangelikų bažnyčios. Toje vietoje buvo daug akmenų, o tas žemės plotas priklausė ūkininkams, jie atidavė jį miestiečių sodyboms ir kapams padidinti.
Yra šaltinių, kurie teigia, jog 1401–1409 m. tarp Skirsnemunės dvaro ir Žvyrių kaimo, dešiniajame Nemuno krante, ties dabartinėmis kapinėmis, stovėjusi lietuvių pilis. Toje vietoje rasta pamatų liekanų ir kryžiuočių XIV a. ginklų.
Apie 1429 m. labai pablogėjo Lietuvos ir Lenkijos santykiai. Vytautas kovojo su lenkų ponais, norėdamas sustiprinti Lietuvos savarankiškumą. Lenkai neįleido į Lietuvą Šv. Romos (Vokietijos) imperatoriaus Zigmanto pasiuntinybės, kuri vežė Vytautui karaliaus karūną. Vytautas įsakė sustiprinti pilių ir miestų Lietuvos pasienyje su Lenkija gynybą. 1430 m. jis pasiūlė Pauliui Russdorfui atsiųsti savo atstovus į Lietuvą ir susitikti Jurbarke arba Skirsnemunėje.
1431 m. birželio 19 d. Švitrigaila, Vokiečių ordino magistras Paulius Russdorfas ir Livonijos magistras Cisse’s von Rutenbergas Skirsnemunėje sudarė sutartį. Šios sutarties liudytojais buvo iš Lietuvos 8 kunigaikščiai, 10 aukštų pareigūnų didikų, 3 vyskupai, iš Vokiečių ordino – komtūrai ir vyskupai. Skirsnemunės sutartimi pasižadėta visomis jėgomis teikti savitarpio pagalbą lenkų užpuolimo atveju.
XV a. Skirsnemunėje buvo dvaras. Po Vytauto Didžiojo Skirsnemunės miestelis ir seniūnija priskirta prie karaliaus dvarų. Kurį laiką Skirsnemunė priklausė Žemaitijai, vėliau ją valdė didikai, o nuo 1526 m. jos valdovu tapo Jonas Skapas. 1537 m. miestelį ir seniūniją valdė karaliaus sekretorius Povilas Naruševičius. Jam valdant Skirsnemunę, miestelyje buvo 17 smuklių (iš jų viena buvo midaus). 1571 m. valdymą perėmė Vilniaus pilininkas (vėliau vyskupas) Mikalojus Steponas Pacas, 1612 m. – Kristupas Šemeta, 1771 m. – Medekša.
Skirsnemunė garsi ne tik savo pilimis, piliakalniais, bažnyčiomis, bet ir kitais reikšmingais Lietuvai įvykiais.
XVI a. Skirsnemunę sudarė valdovo dvaras, aplink kurį plėtėsi miestelis ir aplinkiniai kaimai. 1526 m. Skirsnemunės miestelyje jau vyko prekyba. 1549 m. Žygimantas Augustas Skirsnemunę užrašė Barborai Radvilaitei. 1598 m. balandžio 9 d. Skirsnemunė viena iš pirmųjų gavo privilegiją ketvirtadieniais rengti turgus ir du prekymečius: rugpjūčio 24 d. ir rugsėjo 29 d. Įdomu, ar sena tradicija rengti turgus Skirsnemunėje išsilaikė iki šių dienų?
Šaltiniai teigia, kad didžiausi verslai čia buvo žvejyba ir žirgininkystė. Specializavimasis žirgininkystėje Skirsnemunėje išryškėjo iš XVI a. pabaigos priimtos ordinacijos. 1574 m. Henrikas Valua išleido „Karališkosios žirgų kaimenės ordinaciją“.
Stanislovas Augustas 1792 m. suteikė Skirsnemunei Magdeburgo – laisvojo miesto teises ir herbą, tačiau greitai savivalda buvo panaikinta.
1853 m., Motiejaus Valančiaus laikais, buvo įkurta mokykla, tačiau po 1863 m. sukilimo ji uždaryta ir jos vietoje atidaryta rusų mokykla. 1910 m. Skirsnemunėje pastatyta nauja mokykla, kurioje dirbo du mokytojai rusai.
Tautinio atgimimo laikais blaivybės idėja Skirsnemunėje buvo labai aktuali.
Spaudos draudimo laikais Skirsnemunę ir jos apylinkes dažnai lankydavo knygnešiai.
Skirsnemunė – labai gražus miestelis, kuris žavėjo ne tik savo praeitimi, bet ir dabartimi, tik gaila, kad besilankydami joje nematėme jokių žymeklių, liudijančių apie čia buvusias pilis ar piliakalnius ir stovėjusią bažnyčią.
Dieviška sėkmė ar visgi dangiškas palankumas, kad carų karūnacija neužboginta ant Vytauto, – didžiojo imperatoriaus, lietuvių i m p e r i n ės valstybės pagrindų įtvirtintojo karaliaus Vyteno žygių tęsėjo.
Ar skirtumas kokia valdžia “maukšlina”, – įlindus iš Rytų, ar prilindus iš vakarų.
Komunizmai ir komunijizmai ne Lietuvai, ne mums lietuviams, mūsų kaimynui prūsui ir mūsų valdovams.