Leidykla pradėjo veiklą 1945 m., sujungus anksčiau veikusios valstybinės leidyklos funkcijas ir nacionalizuotas privačias leidyklas. 1947 m. lapkričio 19 d. buvo oficialiai įregistruoti leidyklos įstatai.
Iš pradžių leidykla veikė Kaune, tačiau 1949 m. jos veikla perkelta į Vilnių. 1964 m. ji įgavo naują pavadinimą – „Vaga“. Ilgainiui leidykla priklausė įvairioms leidybą koordinavusioms institucijoms, o 1990 m. buvo patvirtinti atnaujinti įstatai.
1994 m. vasario 24 d. įvykusiame steigiamajame visuotiniame akcininkų susirinkime leidyklos statusas pakeistas – ji tapo uždarąja akcine bendrove.
Nuo pat įkūrimo iki šių dienų leidykla „Vaga“ leidžia originalią ir verstinę grožinę literatūrą, meninę publicistiką, literatūros mokslo ir kritikos darbus, dailėtyros leidinius, enciklopedijas, tautosakos rinkinius, dailės albumus bei raštus.
Minint leidyklos veiklos 80-metį, Lietuvos literatūros ir meno archyvas pristato virtualią parodą „Vaga“ – seniausia grožinės literatūros leidykla Lietuvoje“.
