Tartoko pelkė nuolat stebina savo retų rūšių buvimu ir didele gamtosaugine verte. Ne veltui teritorija buvo pripažinta esanti Europinės svarbos ir įtraukta į Europos ekologinį tinklą „Natura 2000“, išsaugoti retai Europoje sutinkamą gamtinių buveinių tipą – šarmingą žemapelkę.
Buvusi atvira teritorija apaugo krūmais ir nendrėmis, nustojus čia ūkininkauti. Taip pelkės vertybės arba sunyko, arba joms iškilo išnykimo grėsmė. Buvo nuspręsta pelkę ir aplinkines šlapias pievas atgaivinti. Tad čia vėl gausu saugomų augalų rūšių.
Pasak Nemuno kilpų regioninio parko direkcijos specialistų, čia auga 2 gegūnių rūšys, įrašytos į Lietuvos raudonąją knygą – baltijinė ir raudonoji gegūnės (Dactylorhiza baltica ir D. incarnata) bei labai reti Lietuvoje daugiametis patvenis (Swertia perennis) ir rusvasis vikšrenis (Schoenus ferrugineus).
Rusvasis vikšrenis yra įrašytas į pirmąją Lietuvos raudonosios knygos kategoriją, o tai reiškia, kad jis yra ant išnykimo ribos ir reikia imtis maksimalių priemonių jo išsaugojimui. Tuo tarpu Tartoko pelkėje yra gausiausia jo augavietė Lietuvoje.
