Prieš 10 metų, 2005 metų liepos 5 d., lankytojams duris atvėrė Istorinė Prezidentūra. Idėja apie galimą muziejaus įkūrimą istorinėje vietoje kilo apie 1990 metus, kai tarpukariu buvęs valstybės Prezidento rezidencijos pastatas, sovietmečiu pavirtęs Pionierių rūmais, o vėliau Mokytojų namais, buvo perduotas Vytauto Didžiojo karo muziejui. Po užsitęsusių rekonstrukcijos darbų, simbolinis buvusių Prezidento rūmų (Vytauto Didžiojo karo muziejaus padalinio) atidarymas įvyko 2003 m. vasario 16 d., minint 85-ąsias Lietuvos valstybės atkūrimo metines. Nuo 2004 m. šie rūmai pateko Lietuvos Respublikos Prezidentūros kanceliarijos žinion.
2005 m. liepos 3 d. Lietuvos Respublikos Prezidentas Valdas Adamkus oficialiai perdavė istorinius Lietuvos Respublikos Prezidentūros rūmus Kaune Nacionaliniam M. K. Čiurlionio dailės muziejui. Tokio sprendimo tikslas – sudaryti geresnes sąlygas tinkamai atspindėti šalies valstybingumo istoriją ir efektyviai įvairiomis priemonėmis bei formomis vykdyti kultūrinę, visuomeninę, šviečiamąją misiją atskleidžiant ir interpretuojant Lietuvos Respublikos istoriją, rodant deramą dėmesį valstybės kūrėjams, sudarant sąlygas reikštis pilietinės visuomenės iniciatyvoms.
Tų pačių metų liepos 5 d. Istorinė Lietuvos Respublikos Prezidentūra Kaune sulaukė pirmųjų lankytojų. Per metus vidutiniškai muziejuje apsilanko apie 12 tūkst. lankytojų. Per dešimt veiklos metų muziejuje surengta per 300 įvairių kultūrinių pažintinių renginių, visuomenei muziejaus sodelyje pristatytos 9 archyvinių fotografijų parodos apie tarpukario Kauną, atidarytos 20 trumpalaikių ir ilgalaikių parodų muziejaus salėse, priimta daugybė garbingų svečių iš Lietuvos ir užsienio, organizuoti įdomūs pilietiniai ir tarpdisciplininiai projektai. Muziejus kasmet plečia savo lankytojų ratą, nuo rudens į edukacinius užsiėmimus pakvies ir ikimokyklinio amžiaus vaikučius.
Muziejus aktyviai rengiasi Lietuvos Respublikos šimtmečio minėjimui. 2013 metais inicijuotas projektas „Šimtmečio belaukiant“ kiekvienais metais kviečia žmones muziejuje ir virtualioje svetainėje rinkti reikšmingiausius Pirmosios Lietuvos Respublikos įvykius. Pagal balsavimo rezultatus 2018 metų vasario 16 dieną muziejuje bus atidaryta paroda, kurioje atsispindės ne tik svarbiausi moderniosios Lietuvos kūrimosi momentai, bet ir šių dienų visuomenės santykis su to meto istorija. Taip pat planuojama išleisti knygą apie prezidento instituciją ir prezidento rūmus Kaune. Istorinė Prezidentūra labai tikisi sulaukti ir pirmo remonto po 10 intensyvios veiklos metų.
Dešimtąjį gimtadienį švenčianti Istorinė Prezidentūra sulaukė daugybės gerbėjų ir sveikintojų. Jau išvakarėse muziejaus kolektyvą pasiekė įvairios saldžios dovanėlės, o šventės metu netrūko gėlių, padėkos raštų, elektroninių sveikinimų, saldainių ir kitų gurmaniškų gėrybių, šiltų apkabinimų bei nuoširdžių palinkėjimų. Visą dieną muziejuje vyko Lietuvos piliečio pamokos, kurias vedė muziejaus istorikai. Pamokose dalyvavo darželinukai ir vyresni vaikai, kartu su tėveliais ir seneliais.
