Artinantis antrajai sovietų okupacijai, 1944 metų spalį Jonas Šliūpas (1861–1944) su žmona Grasilda, sūnumi Vytautu ir Mauragių šeima iš Palangos per Kretingą pasitraukė į Vakarus, į Brėgencą (Austrija).
Tų pačių metų lapkričio 6 dieną, ištikus širdies priepuoliui, mirė Berlyne (Vokietija). Lapkričio 11 dieną įvyko iškilmingos laidotuvės Vilmersdorfo atsisveikinimo salėje, Berlyne.
1948 metais urna su jo pelenais buvo pervežta ir palaidota Lietuvių tautinėse kapinėse Čikagoje (JAV). 1950 metais kapavietės vietoje atidengtas paminklas J. Šliūpui pagerbti.
Vėliau šalia palaidota ir antroji žmona, palangiškė Grasilda Grauslytė-Šliūpienė (1893–1976).
Šliūpas nepaprastu aktyvumu, gabumu ir atkaklumu pagarsėjo švietėjiškame bei politiniame kontekste tiek Lietuvoje, tiek išeivijoje.
Jo biografijoje gausu neeilinių patirčių, neįtikėtinų likimo posūkių, pakilimų ir paklydimų, o jo energija ir ryžtingas charakteris kartais įžiebdavo audringas visuomenės diskusijas.
Vienas iš svarbiausių J. Šliūpo biografijos faktų ir veiklos laikų siejamas su Palanga, kurioje praleido paskutinius gyvenimo metus.
Čia gyveno nuo 1930 metų, o Palangai gavus miesto teises, 1933 metais tapo pirmuoju burmistru ir su pertraukomis dirbo juo iki 1941 metų.
Jonas Šliūpas nugyveno ilgą gyvenimą, vadovaudamasis paprastu principu, apie kurį pasakė irgi paprastai: „gyvenau taip, kaip mokėjau ir galėjau, visuomet siekdamas tam tikro idealo“.
Už nuopelnus Lietuvai buvo dukart (1928 ir 1936 metais) apdovanotas LDK Gedimino I ir II laipsnio ordinais, 1933 metais aušrininkų serijoje išleistas pašto ženklas su jo atvaizdu, tais pačiais metais apdovanotas Latvijos Trijų žvaigždžių ordinu.
Įvertintas ir jo indėlis į mokslą ir kultūrą: suteikti medicinos (1923), humanitarinių (1923) ir teisės (1939) mokslų garbės daktaro vardai.
1936 metais Valstybės teatre Kaune iškilmingai paminėta jo 75-erių metų sukaktis.