Pirmą kartą Skirsnemunės mokykla rašytiniuose šaltiniuose minima dar prieš lietuvių kultūros istorijoje vadinamos spaudos draudimo, knygnešių, vargo mokyklos epochos pradžią, 1844 metais.
Apie tai rašoma Skirsnemunės katalikų bažnyčios vizitacijos akte. Senesniųjų Skirsnemunės miestelio gyventojų teigimu, 1912 metais mokykla jau turėjo savo pastatą, 1929 m. pastatoma medinė mokykla (buvęs mokyklos muziejaus pastatas).
1932 m. paskiriamas pirmasis mokyklos vedėjas B. Butkus. Tų metų mokyklos gyvenimą 1938 m. aprašė Skirsnemunės parapijos laikraštis „Mūsų parapija“, jame pažymėta, jog „Skirsnemunėje veikia keturių komplektų mokykla“. Tais pačiais metais įsteigtas ir 5-as skyrius.
1937–1940 m. mokykloje veikė aktyvios skautų, angelaičių, ateitininkų, pavasarininkų organizacijos. 1945–1946 m. visa mokinių veikla perrengiama pagal sovietinio švietimo įstatymus. Panaikinamos visos prieš karą veikusios organizacijos, vietoj jų kuriamos naujos.
1948 m. mokykla tampa Skirsnemunės progimnazija, 1956 m. išeina pirmoji Skirsnemunės vidurinės mokyklos abiturientų laida.
Netelpama trijuose pastatuose, todėl tais metais pradedama galvoti apie naujos mokyklos pastato statybą, tačiau daug metų projektai liko tik popieriuje.
Nuo 1962 metų ima veikti mokyklos bendrabutis. Tuo laiku mokykla turėjo savo pagalbinį ūkį (apie 4 ha žemės), šalia bendrabučio – šiltnamį.
1989 m. rugpjūčio mėn. Skirsnemunėje vyko respublikinė kraštotyros ekspedicija, kuriai pagalbą suteikė ir mokyklos jaunieji kraštotyrininkai. 1994 m. gegužės 21 d. mokykla įspūdinga švente paminėjo savo 150-ties metų sukaktį.
1996 m. prasideda gražus mokyklą baigusių devintokų paprotys: mokyklos kiemą papuošti medine skulptūra. Darbams vadovauja mokytojas V. Burba.
1998 m. gegužės 2 d. mokyklai, minint Jurgio Baltrušaičio 125-ąsias gimimo metines, suteikiamas Jurgio Baltrušaičio vardas.
Tais pačiais metais prasideda bendradarbiavimas su Almos Adamkienės labdaros ir paramos fondu, mokykloje lankėsi A. Adamkienė ir kiti fondo nariai.
2001 m. rugsėjo 1 d. mokykla įsikuria naujame, jaukiame pastate. 2002 m. birželio 20 d. mokykloje lankėsi Lietuvos Respublikos prezidentas Valdas Adamkus ir p. Alma Adamkienė.
2014 m. mokykla atšventė 170-ies metų sukaktį.
O šiais, 2024 metais, Skirsnemunės Jurgio Baltrušaičio pagrindinė mokykla skambiai paminėjo garbingą 180 metų sukaktį!
Šventinis renginys birželio 1-ąją prasidėjo Šv. Mišiomis Šv. Jurgio bažnyčioje.
Po Šv. Mišių į jaukią mokyklos salę rinkosi gausi bendruomenė, moksleiviai, svečiai. Su gražia sukaktimi susirinkusius sveikino rajono savivaldybės meras Skirmantas Mockevičius, Švietimo, kultūros ir sporto skyriaus vedėja Aušra Baliukynaitė, LR Seimo narys Ričardas Juška, buvę mokyklos mokiniai ir mokyklos partneriai.
Ilgamečiams mokyklos darbuotojams ir mokytojams buvo įteiktos rajono savivaldybės mero ir Švietimo, kultūros ir sporto skyriaus padėkos.
Sveikinimus lydėjo gražus mokinių, vaikų darželio-lopšelio ir Jurbarko A. Sodeikos meno mokyklos auklėtinių koncertas, po kurio buvo atidengtas šiai progai skirtas atminimo suolelis.
„Vaikystė visiems laikams pasilieka mažutė. Be galo malonu sutikti savo buvusius bendramokslius, grįžti prisiminimais į mūsų kartos metus.
Su pagarba prisimenu pirmąją mūsų mokytoją Janiną Stankuvienę, klasės auklėtojus Eleną Prasauskienę, Vladą Steponaitį.
Deja, ne visi buvę mokytojai sulaukė šios šventės. Keičiasi kartos, ateina kiti tęsti pradėtų darbų. Džiugu, kad Skirsnemunės mokyklai suteiktas kraštiečio Jurgio Baltrušaičio vardas, mokykla to verta“, – prisiminimais dalijosi buvusi šios mokyklos auklėtinė Aušra Jacevičienė.
Šiltų žodžių mokyklai negailėjo ir šventiniame šurmulyje pakalbintas buvęs šios mokyklos auklėtinis, XV aštuntokų laidos mokinys Egidijus Puodžiulaitis, ir pats dažnai fiksuojantis fotografijose Skirsnemunės bendruomenės gyvenimo akimirkas, tuo prisidėdamas prie istorijos išsaugojimo ateities kartoms.
Pasak Egidijaus, Skirsnemunė jam buvo ir liko artimas širdžiai kraštas, tad stengiasi čia įsikurti kuo jaukiau ir patogiau.
Prisiminimų popietei įsisiūbavus, ilgus metus Vokietijoje gyvenanti Rita Bundesmann su pagarba prisiminė Skirsnemunės vokiečių kalbos mokytoją Gražiną Bakanienę, tikrą savo specialybės meistrę, visą širdį, laiką ir dėmesį skyrusią mokiniams, sugebėjusią kiekvienam perduoti tiek, kiek jis atviras priimti: žinių, gyvenimo patirties ir pasitikėjimo.
Deja, pasak Ritos, per vėlai supratome, jog tų žinių mums ateityje labai trūks, o Laiko ratas jau nebeatsisuks…
Džiugu, kad buvę mokiniai, seniai atradę savo gyvenimo kelius įvairiuose Lietuvos ir užsienio kampeliuose, savo prasminga veikla garsina šalį, dažnai aplanko ir savo gimtąjį kraštą, šį jaukų miestelį, mielai susitinka su aktyvia bendruomene, domisi jau sėkmingai įvykdytais įvairiais vietiniais ir europiniais projektais, dalinasi ateities planais.
Mes, buvę šios mokyklos auklėtiniai, visuomet šiltai prisiminsime Skirsnemunės mokyklą ir čia dirbusius mokytojus, liksime dėkingi jiems už kantrybę, suteiktas žinias ir už tai, kuo dabar esame.
Klestėk, mokykla!
