Seimas, atsižvelgdamas į Seimo Antikorupcijos komisijos sprendimą, svarstė siūlymą atleisti Algirdą Stončaitį iš Seimo Antikorupcijos komisijos pirmininko pareigų dėl nepasitikėjimo.
Projektą pristatęs komisijos pirmininko pavaduotojas Bronislovas Matelis neigė viešai minimas priežastis, kad nepasitikėjimas išreikštas dėl neteisėtai gauto leidimo dirbti su slapta informacija:
„Dažnai minima, kad šis išreikštas nepasitikėjimas, neva dėl to, kad gavo leidimą neteisėtai dirbti su slapta informacija, dėl neva poligrafo. Ne, mūsų komisija, ištyrusi tuos visus faktus, mes atmetėme“.
Pasak B. Matelio, nepasitikėjimas keliamas tik dėl slaptos pažymos: „Šis nepasitikėjimas ponu A. Stončaičiu keliamas tik vienu vieninteliu klausimu – Valstybės saugumo departamente ir Specialiųjų tyrimų tarnyboje yra slapta pažyma, kurioje yra minimi pono A. Stončaičio galimi ryšiai su abejotinos reputacijos žmonėmis, tačiau jie atsisakė pateikti tos pažymos turinį. Mūsų komisija dirba su jautria informacija. Kaip mes turėtume toliau elgtis?“ B. Matelis sakė, kad komisija kreipėsi į A. Stončaitį, prašydama atskleisti visuomenei, kokie ryšiai turimi omenyje, tačiau buvo atsisakyta tai padaryti.
„Leidimą dirbti ar susipažinti su įslaptinta informacija gavau Valstybės saugumo departamentui įstatymo nustatyta tvarka atlikus išsamų tikrinimą ir konstatavus, kad aplinkybių, kurias nustačius, leidimas dirbti su įslaptinta informacija negalėtų būti išduotas, nėra. O tai, kad aš galimai atsisakiau tikrintis poligrafu, yra melas, nes sprendimo, kuriuos man skiriamas tyrimas poligrafu, niekuomet nebuvo priimtas“, – Seimo posėdyje kalbėjo A. Stončaitis.
Už Seimo nutarimą „Dėl Algirdo Stončaičio atleidimo iš Lietuvos Respublikos Seimo Antikorupcijos komisijos pirmininko pareigų dėl nepasitikėjimo“ slapto balsavimo metu buvo 62, prieš balsavo 10 Seimo narių, vienas biuletenis rastas negaliojantis. Nutarimas nepriimtas.
Seimo statuto 218 straipsnyje „Pareigūno atleidimo procedūra“ reglamentuota, kad sprendimas dėl Seimo pareigūnų ar valstybės institucijų vadovų atleidimo dėl nepasitikėjimo priimamas slaptu balsavimu daugiau kaip pusės visų Seimo narių balsų dauguma, t. y. už nepasitikėjimą turi balsuoti ne mažiau kaip 71 Seimo narys.
2023 m. sausio 18 d. Seimo Antikorupcijos komisija balsavimu išreiškė nepasitikėjimą Seimo Antikorupcijos komisijos pirmininku A. Stončaičiu. Už tokį sprendimą balsavo visi 7 balsavime dalyvavę komisijos nariai.
2023m. kovo 20 d. Komisija nutarė motyvuotu raštu kreiptis į Seimo Pirmininką siūlydama atleisti Seimo Antikorupcijos komisijos pirmininką A. Stončaitį iš užimamų pareigų dėl nepasitikėjimo. Šis sprendimas taip pat priimtas 7 balsavime dalyvavusiems komisijos nariams vieningai balsavus „už“.