Ketvirtadienis, 2 vasario, 2023
  • Saulės arkliukai
    • Diskusijos
    • Gyvoji tradicija
    • Etninės kultūros paveldas
    • Kultūros teorijų labirintai
    • Iš mokslo tyrimų
    • Ugdytojai ir ugdytiniai
    • Profesijos
    • Subkultūros
    • Kitos kultūros
    • Kūryba
    • Mes skaitome knygas
    • Margos pievos: renginiai
    • Keliauk lėtai: tėvynės pažinimas
    • Praktiniai patarimai
    • Iš mados istorijos
    • Mados tinklarastininkas
    • Fotogalerijos
    • Redakcija
  • Renginiai
  • Reklama
  • Turinys
  • Apie Alkas.lt
  • Paremkite Alką
Alkas.lt
Advertisement
  • Naujienos
    • Lietuvoje
    • Baltų žemėse
    • Užsienyje
  • Nuomonių ratas
    • Lietuvos kelias
    • Lietuvos kūrėjai
    • Sekmadienio sakmė
    • Akiračiai
    • Lietuvos repolonizacijai – ne!
    • Moksleivių mintys
  • Kultūra
    • Etninė kultūra
    • Mes baltai
    • Kalba
    • Religija
    • Istorija
    • Kultūros paveldas
    • Menas
    • Architektūra
    • Literatūra
    • Kultūros politika
    • Šventės
  • Visuomenė
    • Pilietinė visuomenė
    • Politika ir ekonomika
    • Švietimas
    • Žmonės
    • Užsienio lietuviai
    • Ukrainos balsas
    • Žiniasklaida
    • Laiškai Alkui
  • Gamta ir žmogus
    • Gamta ir ekologija
    • Šventvietės
    • Energetika
    • Sveikata
    • Psichologija
    • Kelionės
    • Kylam
    • Įvairenybės
  • Mokslas
    • Mokslo naujienos
    • Technika ir technologijos
    • Astronomija ir kosmonautika
      • Visi rašiniai
    • Mokslo darbai
  • Skaitiniai
    • Lituanistikos klasika
    • Prieškario skaitiniai
    • Dienoraščiai, įspūdžiai, apžvalgos
    • Grožinė kūryba
  • Visi rašiniai
No Result
View All Result
  • Naujienos
    • Lietuvoje
    • Baltų žemėse
    • Užsienyje
  • Nuomonių ratas
    • Lietuvos kelias
    • Lietuvos kūrėjai
    • Sekmadienio sakmė
    • Akiračiai
    • Lietuvos repolonizacijai – ne!
    • Moksleivių mintys
  • Kultūra
    • Etninė kultūra
    • Mes baltai
    • Kalba
    • Religija
    • Istorija
    • Kultūros paveldas
    • Menas
    • Architektūra
    • Literatūra
    • Kultūros politika
    • Šventės
  • Visuomenė
    • Pilietinė visuomenė
    • Politika ir ekonomika
    • Švietimas
    • Žmonės
    • Užsienio lietuviai
    • Ukrainos balsas
    • Žiniasklaida
    • Laiškai Alkui
  • Gamta ir žmogus
    • Gamta ir ekologija
    • Šventvietės
    • Energetika
    • Sveikata
    • Psichologija
    • Kelionės
    • Kylam
    • Įvairenybės
  • Mokslas
    • Mokslo naujienos
    • Technika ir technologijos
    • Astronomija ir kosmonautika
      • Visi rašiniai
    • Mokslo darbai
  • Skaitiniai
    • Lituanistikos klasika
    • Prieškario skaitiniai
    • Dienoraščiai, įspūdžiai, apžvalgos
    • Grožinė kūryba
  • Visi rašiniai
No Result
View All Result
Alkas.lt
No Result
View All Result

Pradžia Naujienos Lietuvoje

VU mokslininkai – pirmieji lietuviai, iššifravę bakterijos genomą

www.alkas.lt
2017 11 04 15:55
0
VU mokslininkai – pirmieji lietuviai, iššifravę bakterijos genomą

dr. A. Timinskas, prof. A. Žvirblienė ir dr. M. Plečkaitytė | E. Kurausko nuotr.

dr. A. Timinskas, prof. A. Žvirblienė ir dr. M. Plečkaitytė | E. Kurausko nuotr.
dr. A. Timinskas, prof. A. Žvirblienė ir dr. M. Plečkaitytė | E. Kurausko nuotr.

Vilniaus universiteto Gyvybės mokslų centro (VU GMC) tyrėjų komanda su kolegomis iš Prancūzijos pirmą kartą pasaulyje aprašė atvejį, kai moterų lyties takų bakterija Gardnerella vaginalis pažeidė smegenis ir sukėlė stiprius neurologinius simptomus. Be to, VU GMC mokslininkai nustatė šios bakterijos DNR seką – tai pirmasis Lietuvos mokslininkų visiškai iššifruotas bakterijos genomas.

Jį galima rasti Genų banke, pasaulyje pripažintoje genų duomenų bazėje. VU GMC mokslininkų nustatytam genomui priskirtas neeilinis numeris CP019058. Šį genomą sudaro 1,7 milijono nukleotidų. Vienas nukleotidas gali būti suvokiamas kaip viena „raidė“, vienas elementas. Tai didžiausias Gardnerella vaginalis genomas iš visų iki šiol žinotų. Penkių šios bakterijos kamienų genomai jau anksčiau, kitų iššifruoti, tad šis – VU GMC tyrėjų –  buvo šeštasis. Pirmą kartą visas Gardnerella vaginalis genomas surinktas 2010 m. Visiškai iššifruoti bakterijos genomą gana sudėtinga, tai gali užtrukti ilgiau nei metus.

„Mūsų skyriuje tyrinėjami toksinai, kuriuos gamina bakterijos. Vienas tokių – Gardnerella vaginalis toksinas vaginolizinas. Jau ir anksčiau skelbėme mokslinių straipsnių apie šį toksiną bei jo veikimą, taip pat esame sukūrę antikūnų, blokuojančių toksinį vaginolizino poveikį. Vieną dieną sulaukėme laiško iš medicinos mikrobiologo dr. J. Tankovico (Jacques‘o Tankovic‘o), dirbančio vienoje Prancūzijos ligoninių. Į ją pateko pacientė su stipriai išreikštais neurologiniais simptomais: iš pradžių ją kamavo traukuliai, vėliau būklė sparčiai blogėjo – ligonė prarado sąmonę, tad teko dirbtinai plaučius vėdinti“, – pasakojo VU GMC Biotechnologijos instituto Imunologijos ir ląstelės biologijos skyriaus vedėja prof. Aurelija Žvirblienė ir vyresnioji mokslo darbuotoja dr. Milda Plečkaitytė.

Ligonės kraujo mėginyje mikrobiologai nustatė Gardnerella vaginalis bakteriją, todėl Prancūzijos medikai susidomėjo, kaip ji gali būti susijusi su neurologiniais simptomais. Tai buvo gana netikėta, nes paprastai ši bakterija aptinkama moterų lyties takuose. „Mums tai irgi pasirodė labai įdomu, nes mokslo literatūroje panašus atvejis nebuvo aprašytas. Paprašėme kolegų iš Prancūzijos atsiųsti bakterijos kamieną, nes nusprendėme jį nuodugniai patyrinėti“, – tyrimų pradžią prisiminė mokslininkės.

Pasak jos, tuo metu kaip tik pasitaikė galimybė bakterijos genomo seką ištirti Lietuvoje – UAB „Thermo Fisher Scientific Baltics“ rengėsi išbandyti naują DNR sekoskaitos technologiją, tad pasiūlė pasinaudoti šia paslauga. Nagrinėjant genomo seką, iš bakterijos genomo buvo paimti tam tikri fragmentai ir nustatyta jų seka. Tačiau tai buvo tik pusė darbo. VU GMC mokslininkai turėjo šiuos fragmentus tarsi dėlionę sudėlioti į vientisą grandinę. Tai atliko bioinformatikas dr. Albertas Timinskas.

Jis teigia, kad šis uždavinys buvo įdomus ne tik tuo, kad bakterija unikali ir ją reikia ištirti, bet ir tuo, kad tai buvo vienas pirmųjų bandymų Lietuvoje surinkti visą bakterinio genomo seką, įsigilinti į surinkimo problematiką. „Bandant surinkti genomą į vieną informacijos srautą matyti, kad metodų, kaip tą padaryti, yra labai daug. Tai rodo užduoties sudėtingumą. Išbandžiau tris populiariausius būdus, kitaip tariant, strategijas, kaip surinkti tą „dėlionę“. Tačiau jos davė skirtingus rezultatus. Tokiais atvejais dažniausiai atrenkami tik patikimiausi rezultatai,  viešinama neištisa genomo seka ir į tolesnio surinkimo detales nesigilinama. Mes siekėme turėti išsamią informaciją“, – sakė dr. A. Timinskas.

Pirmiausia jis bioinformatikos metodais patikrino, ar „dėlionėje“ netrūksta dalių. Tačiau pastebėjo, kad surenkamame genome bus daug panašių DNR fragmentų. „Tarkime, sekoskaitos metu įsivėlė klaidų ir kurios nors genomo dalies trūksta – vaizdžiai tariant, namas dėlionėje liktų be kamino. Arba matai, jog dėlionėje yra keli skirtingi namai, bet su labai panašiais kaminais. Kurį pasirinkti? Kai yra pasirinkimo laisvė, uždavinys išsiplėtoja. Turi kaip siūlų kamuolį išvyniotą genomą, kurį dar reikia išpainioti“, – pasakojo bioinformatikas.

Kad pavyktų atskirus DNR fragmentus sudėlioti į vientisą DNR grandinę, bioinformatikos metodus teko derinti su eksperimentais. Dr. M. Plečkaitytė pasiūlė būdus, kaip patikrinti ir išsiaiškinti neaiškias genomo vietas – tam reikėjo padauginti tam tikras DNR sekas ir įsitikinti, kad jos tikrai savo vietoje. „Genomo surinkimo metu tokie eksperimentai buvo labai svarbūs. Šį procesą vaizdžiai galima apibūdinti taip: važiuoji keliu (nes genomas yra linijinė molekulė) ir matai, kad jis išsišakoja, nors taip neturėtų būti. Tada su Milda tariamės, katrą kelią pasirinkti. Kaip bioinformatikas matau, kur tikimybė didesnė, bet vis tiek ją reikia patvirtinti. Taigi ši procedūra išties labai sudėtinga. Tai paaiškina, kodėl genų duomenų bazėje galima rasti tik nedaug išbaigtų genomų. Šis procesas kainuoja daug laiko ir pastangų, reikia atlikti begalę eksperimentų“, – aiškina dr. A. Timinskas.

VU GMC profesorė A. Žvirblienė džiaugiasi, kad iš fundamentinių tyrimų radosi praktinė nauda. Turimas baigtinis Gardnerella vaginalis bakterijos kamieno genomas suteikia naują įrankį ne tik ją tyrinėjantiems VU GMC mokslininkams, bet ir kitiems tyrėjams: genome užkoduotoji informacija gali padėti suprasti, kas lemia šios bakterijos virulentiškumą, kodėl ji ar jos gaminami toksinai įveikė kraujo bei smegenų barjerą ir sukėlė gyvybei pavojingas neurologines raiškas. Mokslininkai tikisi, kad jų aprašytasis neįprastas ligos atvejis patarnaus ir praktinei medicinai: jei pasitaikytų panašus atvejis, būtų galima įtarti, jog galvos smegenų pažaidas galėjo sukelti būtent ši bakterija.

„Mus ypač nustebino dr. J. Tankovico profesionalumas – pastarasis medicinos mikrobiologas ne tik nustatė neįprastą ligos sukėlėją, bet ir pademonstravo tikrai platų, mokslinį požiūrį į problemą. Šis žmogus mus susirado, perskaitęs mūsų straipsnius moksliniuose žurnaluose. Buvo išties įdomu bendradarbiauti su medicinos biologu, kuris skaito mokslinius straipsnius ir domisi naujausiais mokslo pasiekimais, nors tai galbūt nesusiję su jo darbu klinikinėje laboratorijoje“, – pažymi prof. A. Žvirblienė.
Prancūzės pacientės istorija baigėsi laimingai – laiku atlikta tiksli mikrobiologinė diagnostika leido parinkti tinkamą gydymą antibiotikais, Gardnerella vaginalis infekcija buvo įveikta ir ligonė pasveiko.

Spausdinti 🖨

Susiję straipsniai:

  1. Jaunieji mokslininkai dalysis įdomiausių savo tyrimų rezultatais
  2. VU mokslininkai patvirtino: palydovas „LituanicaSAT-1“ skrydžiui pasirengęs (video)
  3. Didžiajai daliai programos „Žiliberas“ finansuojamų projektų vadovaus VU mokslininkai
  4. VU mokslininkai dalyvauja kuriant naujos kartos taupų ir efektyvų apšvietimą
  5. VU mokslininkai sukūrė apšvietimo sistemą, tausojančią muziejines vertybes
  6. Lietuviai susiruošė į dar niekieno neįveiktą kalną Kunlune
  7. VU mokslininkai tapo globalaus kosmoso tyrimų projekto dalimi: siekia, kad jų palydovas skrietų ilgiausiai
  8. Vilniaus universitete tęsiamos derybos dėl Lietuvos narystės CERN
  9. VU Biotechnologijos institutas pažymi 40 metų sukaktį
  10. Vilniaus universitetas Nobelio premijos lūkesčius atideda netolimai ateičiai
  11. VU komunikacijos kampanija „Belaukiant Nobelio” – geriausia Baltijos šalyse (video)
  12. Švietimo ir mokslo ministras siūlo pasimokyti iš Antikos kaip reikia valdyti valstybę
  13. Gyvybės mokslų centro kapsulėje parašytas laiškas ateities kartoms
  14. Apdovanoti Lietuvos mokslo premijų laimėtojai
  15. Molekulinės biologijos ir genetikos tyrimų metodų revoliucionierius, Nobelio premijos laimėtojas Keris B. Mulis atvyksta į Lietuvą
  16. CERN parodą „Accelerating Science“ pristatys dr. A. Juodagalvis
  17. Vardinė iškilaus profesoriaus stipendija – dviem VU Gamtos mokslų fakulteto studentams
  18. AIDS išgydymas yra tik laiko klausimas
  19. Konfucijaus institutas kviečia į visuomenei skirtų viešų paskaitų seriją – „Kinijos filosofija“
  20. Renginyje „Tyrėjų naktis“ – bus apžvelgta mokslo ateitis

Siūlomi vaizdo įrašai:

ALKO TURINYS

Parašykite komentarą Atšaukti atsakymą

El. pašto adresas nebus skelbiamas. Būtini laukeliai pažymėti *

Kiti Straipsniai

Ratilio solistų koncertas Dzūkų kultūros šventėje | A. Černiausko nuotr.

VU ansamblis „Ratilio“ pristato dainų rinktinę

2023 01 26
S. Lozoraičio premija – žurnalistei, knygų redaktorei R. Pupalaigytei | lzdraugija.lt nuotr.

S. Lozoraičio premija – žurnalistei, knygų redaktorei R. Pupalaigytei

2023 01 14
Prof. Benediktas Juodka - prie mikrofono. MKIC kapsulės kasimo iškilmės | VU bibliotekos archyvo nuotr.

Šiandien 80-metį švenčia prof. Benediktas Juodka

2023 01 13
Prezidentas Gitanas Nausėda | lrp.lt nuotr.

Prezidentas pasirašė švietimo įstatymo pakeitimus

2023 01 03
Prejektorius | pixsabay.com, Nitsh Lakra nuotr.

Projektorius – ne tik namų kinui

2022 12 25
Vaikai prie kompiuterio | pixabay.com nuotr.

Švenčių iššūkis: kiek laiko vaikai praleis prie ekranų?

2022 12 23
VU rektorius R. Petrauskas | J.Auškelio nuotr.

R. Petrauskas perrinktas LURK prezidentu

2022 12 16
Matematika | dialogas.lt nuotr.

Matematikos mokymo iššūkiai: kaip juos siūlo įveikti VU mokslininkai?

2022 12 15
„Aktualioji istorija“: Archeologija Lietuvos universitetuose po Antrojo pasaulinio karo

„Aktualioji istorija“: Archeologija Lietuvos universitetuose po Antrojo pasaulinio karo

2022 12 09
„Aktualioji istorija“: Archeologija Lietuvos universitetuose iki 1945 m.

„Aktualioji istorija“: Archeologija Lietuvos universitetuose iki 1945 m.

2022 12 04
Rodyti daugiau

Naujienos

Ar saugu gerti vandenį iš čiaupo?
Lietuvoje

Siūloma keisti atsiskaitymo už vandenį tvarką

2023 02 02
Nemokamas kinas M. K. Čiurlionio namuose | Facebook nuotr.
Kultūra

Nemokamas kinas M. K. Čiurlionio namuose

2023 02 02
Pienas | zum.lrv.lt nuotr.
Lietuvoje

Aptarta sudėtinga padėtis pieno rinkoje

2023 02 02
Vydūnas 1948 m. | Mažosios Lietuvos enciklopedijos archyvo nuotr.
Kultūra

Išleista Vydūno knyga „Kaip tapti saulėtu žmogumi“

2023 02 02
Patvirtinta Valstybinių miškų urėdijos strategija iki 2027 m. | lrv.lt nuotr.
Gamta ir ekologija

Patvirtinta Valstybinių miškų urėdijos strategija iki 2027 m.

2023 02 02
Baigiamas statyti Laukinių gyvūnų globos centras | Aplinkos ministerijos nuotr.
Gamta ir ekologija

Baigiamas statyti Laukinių gyvūnų globos centras

2023 02 02
Romualdas Ozolas 1987 m. kovo 11 d. | Lietuvos centrinis valstybės archyvas, A. Žižiūno nuotr.
Žmonės

Seime vyko Romualdo Ozolo skaitymai

2023 02 02
Ženkliai auga susidomėjimas profesiniu mokymu
Lietuvoje

Mokytis amato galės virš 20 tūkst. naujų mokinių

2023 02 01
Baltiški papuošalai Baltiški papuošalai Baltiški papuošalai
Prano Raščiaus (1932–1987) poezijos knyga „Paragauki sulos“ Prano Raščiaus (1932–1987) poezijos knyga „Paragauki sulos“ Prano Raščiaus (1932–1987) poezijos knyga „Paragauki sulos“

SKAITYTOJŲ PASTABOS

  • gal apie Ukrainiečiai ties Kremina sutriuškino Rusijos marodierius
  • LIETUVIŠKOS JUNGTINĖS PAJĖGOS apie Seime vyko Romualdo Ozolo skaitymai
  • Žemyna apie Ukrainiečiai ties Kremina sutriuškino Rusijos marodierius
  • LIETUVIŠKOS JUNGTINĖS PAJĖGOS apie Seime vyko Romualdo Ozolo skaitymai

NAUJAUSI STRAIPSNIAI

  • Siūloma keisti atsiskaitymo už vandenį tvarką
  • Nemokamas kinas M. K. Čiurlionio namuose
  • Aptarta sudėtinga padėtis pieno rinkoje
  • Kokia turėtų būti kalbėjimo ir klausymo kultūra medicinoje?
Lininės rankinės Lininės rankinės Lininės rankinės

Kiti Straipsniai

VU ansamblis „Ratilio“ pristato dainų rinktinę

by Kristina Aleknaitė
2023 01 26
1
Ratilio solistų koncertas Dzūkų kultūros šventėje | A. Černiausko nuotr.

Vilniaus universiteto folkloro ansamblis „Ratilio“ (vad. Milda Ričkutė) šiemet švenčia 55-ąjį gimtadienį. Po truputį pradėdamas ruoštis gimtadienio šventei, ansamblis išleido...

Skaityti toliau

S. Lozoraičio premija – žurnalistei, knygų redaktorei R. Pupalaigytei

by Kristina Aleknaitė
2023 01 14
0
S. Lozoraičio premija – žurnalistei, knygų redaktorei R. Pupalaigytei | lzdraugija.lt nuotr.

Tradiciškai kasmet po Trijų Karalių teikiama Lietuvos žurnalistų draugijos Stasio Lozoraičio premija „Kelyje į Vilties Prezidento Lietuvą“. Už viso gyvenimo...

Skaityti toliau

Šiandien 80-metį švenčia prof. Benediktas Juodka

by daiva
2023 01 13
5
Prof. Benediktas Juodka - prie mikrofono. MKIC kapsulės kasimo iškilmės | VU bibliotekos archyvo nuotr.

Vilniaus universiteto mokslo slėnių iškilimas, moderniõs bibliotekos – Mokslinės komunikacijos ir informacijos centro atidarymas Saulėtekyje, Gyvybės mokslų centro projekto parengimas,...

Skaityti toliau

Skaitytojų nuomonės:

  • gal apie Ukrainiečiai ties Kremina sutriuškino Rusijos marodierius
  • LIETUVIŠKOS JUNGTINĖS PAJĖGOS apie Seime vyko Romualdo Ozolo skaitymai
  • Žemyna apie Ukrainiečiai ties Kremina sutriuškino Rusijos marodierius
  • LIETUVIŠKOS JUNGTINĖS PAJĖGOS apie Seime vyko Romualdo Ozolo skaitymai
  • LIETUVIŠKOS JUNGTINĖS PAJĖGOS apie Seime vyko Romualdo Ozolo skaitymai

Kitas straipsnis
Gedimino kalno būklė po liūties lieka nepakitusi

Po dar vienos nuošliaužos Gedimino kalnas uždaromas lankytojams (nuotraukos)

srtfondas Init

Naujienos | Nuomonių ratas | Kultūra
Visuomenė | Gamta ir žmogus | Mokslas
Skaitiniai | VideoAlkas | Visi rašiniai | Paremkite Alką
 Pradžia

Alkas.lt

   https://lazerineklinika.lt/ | https://sportsman.lt/ | Auskarai su deimantais | https://www.aleina.lt | CBD aliejus Lietuvoje | Mažoji Indija | Pakavimo prekės | Farming Simulator 22 mods | ETS2 Mods | FS22 Mods | FS22 mods download | Bigbank.lt | Žūklės reikmenys internetu | Darbo skelbimai | kemi.lt | Šalikai | TIK BALDAI | ATS Mods | Skyrybos internetu - skyrybos bendru sutarimu | fs22 mods | ATWINS | Srotas24.lt - Dalys | Zuza.lt

© 2011 Alkas.lt - Visos teisės saugomos. | Svetainę kūrė - Studija 4D

  • Saulės arkliukai
  • Renginiai
  • Reklama
  • Turinys
  • Apie Alkas.lt
  • Paremkite Alką
No Result
View All Result
  • Naujienos
    • Lietuvoje
    • Baltų žemėse
    • Užsienyje
  • Nuomonių ratas
    • Lietuvos kelias
    • Lietuvos kūrėjai
    • Sekmadienio sakmė
    • Akiračiai
    • Lietuvos repolonizacijai – ne!
    • Moksleivių mintys
  • Kultūra
    • Etninė kultūra
    • Mes baltai
    • Kalba
    • Religija
    • Istorija
    • Kultūros paveldas
    • Menas
    • Architektūra
    • Literatūra
    • Kultūros politika
    • Šventės
  • Visuomenė
    • Pilietinė visuomenė
    • Politika ir ekonomika
    • Švietimas
    • Žmonės
    • Užsienio lietuviai
    • Ukrainos balsas
    • Žiniasklaida
    • Laiškai Alkui
  • Gamta ir žmogus
    • Gamta ir ekologija
    • Šventvietės
    • Energetika
    • Sveikata
    • Psichologija
    • Kelionės
    • Kylam
    • Įvairenybės
  • Mokslas
    • Mokslo naujienos
    • Technika ir technologijos
    • Astronomija ir kosmonautika
      • Visi rašiniai
    • Mokslo darbai
  • Skaitiniai
    • Lituanistikos klasika
    • Prieškario skaitiniai
    • Dienoraščiai, įspūdžiai, apžvalgos
    • Grožinė kūryba
  • Visi rašiniai